La Bahía de Algeciras sufre uno de los problemas de contaminación más graves de Europa. Ya se han perdido ecosistemas de incalculable valor, por ejemplo las praderas de posidonia oceánica y diferentes lugares de nidificación de aves como los flamencos, que ya no son visibles en la zona. En su lugar aparecen instalaciones industriales; un creciente tráfico marítimo y operaciones portuarias irregulares que contaminan a gran escala y degradan el litoral.
Deterioro de la salud pública. Los numerosos complejos industriales de la zona emiten una amplia variedad de componentes tóxicos que afectan a las poblaciones cercanas . Cada año se emiten a la atmósfera más de nueve millones de toneladas de sustancias peligrosas, aunque es seguro que fueron muchas más, porque este registro sólo comprende datos ofrecidos por las industrias.
Los altos niveles de cáncer de pulmón en el Campo de Gibraltar son buena prueba de ello, superando con creces la media del resto de Estado.
El litigio entre España y Reino Unido por la jurisdicción de las aguas que rodean Gibraltar no hace más que agravar la situación porque la falta de una política común.
